?

Log in

No account? Create an account

Entries by category: наука

Англоязычные клоны
N2
olnud
Журнал «Биология моря» основан в 1975 году и исходно бы «привязан» к Институту биологии моря во Владивостоке. Это было время создания новых институтов на Дальнем Востоке, и некоторым директорам этих новых институтов, приехавшим сюда из Москвы и Ленинграда, удавалось «пробить» новые научные журналы. Особенность «Биологии моря» в том, что он тут же начал издаваться на английском языке, причем переводную версию (фактически это самостоятельный журнал) издавали за рубежом (позже инициативу перехватили москвичи). Ниже обложка самого первого переводного выпуска: на нем рукой тогдашнего директора написано, что выдавать строго в читальном зале.



Тогда многие авторы даже не знали о том, что их статьи переводятся. И не знают до сих пор, так как лишь в 21 веке переводная версия начала проходить по базам типа WoS и ее стали в обязательном порядке присылать авторам. Впрочем, это касается не только «Биологии моря». Некоторые статьи в «Зоологическом журнале» тоже переводили, но очень избирательно и в разных журналах. Одну мою статью в 1995 году перевели в журнале «Hydrobiological Journal». О существовании этой англоязычной версии я узнал случайно, от коллеги, который увидел на выставке этот журнал. Затем на протяжении 3-4 лет некоторые статьи в «Зоологическом журнале» переводили в специально созданном «Russian Journal of Zoology». Совсем недавно в РИНЦ я увидел, что некоторые мои статьи в «Зоологическом журнале» были якобы переведены в «Enthomological Review» (англоязычная версия «Энтомологического обозрения») в 90х, однако в указанных номерах этого журнала моих статей не было. Наконец, только из Scopus я узнал, что статья в «Зоологическом журнале», где я был соавтором, была переведена в «Biological Bulletin». Springer и связанный с ним МАИК даже не сообщили об этом авторов – а это уже 2014 год. Так что если вы публиковались в русскоязычных научных журналах, будьте морально готовы к тому, что у этой статьи может оказаться англоязычный «клон» с плохим качеством перевода…

Фрагментарное 106.
N2
olnud
Судно нашего института налетело на скалы в морском заповеднике и затонуло. Все живы, но была угроза разлива топлива. На днях судно подняли – пробоина впечатляющая.



***
Экспедиция на НИС «Академик Опарин» прервалась из-за поломки. Судно вернулось во Владивосток, где поломку устранили. На днях экспедиция продолжилась. Для меня это непредвиденное возвращение было весьма удачным, так как мне передали очень интересный материал для ДНК анализа, который иначе бы попал бы ко мне в конце августа. Из самого интересного вот эти морские блюдечки:



Относятся они к эндемичному для северной Пацифики роду Rhodopetala, который в 1980-х был выделен в особое подсемейство. Это второй род живородящих морских блюдечек. Поскольку подсемейство в дальнейшем не было обосновано ДНК-анализом, то о нем просто «забыли». И теперь появился шанс выяснить, насколько правомерно выделение отдельного подсемейства.
***
«Возрастные» участники рассказывали о том, как молодые участники экспедиции на «Опарине» звонили на материк (с сотовой связью там проблемы). Телефон на судне старый, с вращающимся кольцом-циферблатом. Молодежь не знала, как им пользоваться: некоторые засовывали пальцы в отверстия и жали на несуществующие кнопки. То, что нужно вращать, они могли еще понять, но то, что вращать нужно до «железки» и возвращать обратно, воспроизвести могли не все и не сразу.
***
Нашел у себя вот это «старье»:



В начале 90-х такие «штуки» привозили из Японии и Европы: накладывали пленку нужной буквой на рисунок, терли и буква «впечатывалась» в бумагу. Поясняю: раньше мы рисовали рисунки для статей, дипломных и диссертационных работ тушью на чертежной бумаге, а подписи к рисункам приклеивали, вырезая печатные буквы на обычной бумаге. Края таких вклеек иногда «бликовали» при ксерокопировании и это было видно даже в некоторых статьях. А у таких пленочных вклеек подобной проблемы не было. Но нужно было иметь набор пленок с разными шрифтами.
***
Из «Известий РАН» прислали корректуру: pdf-файл представлял собой отсканированные печатные листы, на которых были правки корректора, сделанные карандашом. Причем выяснилось, что наши предыдущие правки, которые мы внесли после рецензии, куда-то пропали. Все выправили, отослали – теперь ждать еще минимум 6 месяцев.

«Блеск и нищета» описаний новых видов рыб
N2
olnud
Технический прогресс существенно повлиял на описание новых видов животных. Современные таксономические работы по некоторым группам позвоночных и беспозвоночных выглядят чрезвычайно эффектно. К их числу относятся описания новых видов рыб. В прошлом году группа ученых из Австралии, Новой Зеландии и США описали новый род и вид рыб из прибрежных вод Новой Зеландии - Flexor incus. Статья в открытом доступе, но я привожу здесь некоторые (из многих!) картинок, сопровождающих описание нового вида.
Так выглядит сама рыба.



Это ее скелет, снятый с помощью компьютерной томографии



А это отпрепарированный и окрашенный скелет грудных плавников



Смотришь и понимаешь, что статья действительно написана в 21 веке – не хватает только молекулярно-филогенетического анализа. Но мне попалась другая статья с описанием нового вида и рода рыб из того же семейства: «New case of lateral asymmetry in fishes: A new subfamily, genus and species of deep water clingfishes from Papua New Guinea, western Pacific Ocean». Статья также вышла в прошлом году, авторы – ученые из Германии и Тайваня. Protogobiesox asymmetricus значительно более интересен, чем предыдущий вид, так как, во-первых, обладает необычной для рыб этого семейства асимметрией, а, во-вторых, отнесен авторами к новому подсемейству (на основе молекулярно-филогенетического анализа). Привожу изображения этого вида (красным я обвел вид головы спереди, которые показывает ту самую асимметрию).



Никаких рисунков/фотографий скелета в работе нет, а то, что есть, как вы видите, не слишком выразительно, хотя, повторюсь, вид очень интересный именно в контексте асимметрии («перекошенной морды» и асимметричным боковым изгибом, начинающимся за черепом), которую у рыб мы хорошо знаем разве только по камбалообразным. Возникает вопрос: что лучше – красивое, современное и полное морфологическое описание Flexor incus без ДНК анализа или НЕкрасивое, НЕсовременное и НЕполное морфологическое описание Protogobiesox asymmetricus, но с ДНК анализом?

Фрагментарное 105.
N2
olnud
Коллега прислал фотографию леспедеции Максимовича: привез из Кореи и выращивает у себя на даче. Цветет (в июне) и плодоносит.



Но странное дело: естественный ареал доходит до границы РФ и дальше никак. Есть такие биогеографические «странности»: что-то доходит до нас «вопреки», а что-то не проникает «несмотря на».
***
Сфотографировал туалет нашей поликлиники: год назад шурупов не было, приходилось лезть в бачок рукой. Пожаловались – улучшили…



***
В понедельник ждем известий о новом врио нашего института. Вроде как Москва должна назначить своим приказом, но последний где-то застрял. Если случится, то нас ждут масштабные изменения.
***
Во вторник отходит экспедиция на Императорский хребет: глубоководные съемки, взятие проб. А осенью еще одна экспедиция – в Антарктику. Деньги на нужные экспедиции вдруг посыпались сверху, но непонятно, что с этим делать. Местные специалисты завалены материалом других глубоководных экспедиций, а приглашенных очень немного и у них также полно своих дел. КПД таких экспедиций пока очень скромный – видимо, материал берут для будущих поколений, «когда моря высохнут…..». Я в этой ситуации просто секвенирую материл и отправляю в GenBank – описывать новые виды в таком количестве нереально.
***
Вынужден был отказать от оппонирования докторской, чем очень огорчил диссертанта. Найти трех оппонентов – крайне трудно, а диссертация «проблемная»: из 26 статей половина не по теме диссертации, нет статистического анализа материала (специальность «экология»), нет очевидной (для докторской) новизны. А диссертант явно спешит.
***
Вот и мне задали вопрос: «Как вы жили в 80-х и начале 90-х, без интернета и гаджетов?!». Я ответил: «Слово «депрессия» я впервые услышал в 1996 г. Через год у меня появился компьютер».

Реформы РАН: вести с окраин. 15
N2
olnud
Давно я не писал в этой теме - казалось, что реформы затухли. И вот прочитал о ситуации с врио директора Института океанологии в Москве:
https://trv-science.ru/2019/05/24/kto-topit-okeanologov/

Ситуация очень даже знакомая. В ТИБОХе отстранили выбранного коллективом директора. В бывшем БПИ (до сих пор не могу выучить новое название этого центра) в прошлом году врио директора, пройдя все сроки прибывания на этой должности, не был поддержан в Москве и ушел "в отставку". Ожидаются очередные выборы и по слухам Москва на этой должности хочет видеть бывшего москвича. А коллектив - не хочет. Теперь у нас в институте назревает похожая ситуация: в этом году заканчивается последний срок для врио директора, а Москва его не утверждает. Опять в воздухе витает слух, что Министерство видит на этой должности молодого и энергичного. К вам еще не пришли?
***
Есть женщины в русских селениях... Сотрудница одного из наших НИИ ведет очень жесткую борьбу в связи с вырубкой леса вокруг институтов под строительство высоток. Да, смелость ее пугает многих:
https://east-eco.com/node/5863
***
У нас разразился скандал в связи с одной из премий выдающихся ученых - премией академика О.Г. Кусакина. Премию присуждают ежегодно ученому за исследования морских организмов и экосистем Сам Олег Григорьевич занимался именно морскими организмами и литоральным экосистемами. И вдруг каким-то удивительным образом в этом году изменилась формулировка этого конкурса: за исследования морских организмов и водных экосистем. Изменилась и на премию выдвинули сотрудницу, которая занимается пресноводными и наземными моллюсками. И ей почти дали желанные XX тысяч руб., но поднялся шум и результаты голосования отменили: изменение в формулировке не было проведено по всем правилам и закреплено в протоколах. Кое-кто решил дать премию своему человеку и сделал это очень неуклюже. И все бы промолчали, но в дело вмешался чиновник крупного ранга, который продвигал совсем другого человека, соответствующего прежним правилам конкурса. Если бы это были ХХХ тысяч - я бы понял.

46 лет
N2
olnud
Сегодня у нашей лаборатории день рождения. Сохранился приказ о ее создании:



В этом документе любопытны оклады (нужно учитывать, что эти суммы – без дальневосточного коэффициента, который составляет 10-30%). Получается, что аспиранты и вымершие нынче стажеры-исследователи получали почти столько же, сколько и м.н.с. А вот заведующий лаборатории, кбн, получал совершенно заоблачную по тем временам сумму (без учета надбавки за степень).

Уволить нельзя восстановить
N2
olnud
https://vk.com/@vbakalin-3?fbclid=IwAR0Cy0kqfqcdtnNOGNevkfwYSDlvDeLEgxbbfUDH5_r5Bk0xoNdIPDO4JWk

Собственно, речь об этой публикации. Ее стиль мне не понравился, но это дело вкуса. Однако в ней поставлен достаточно сложный вопрос: может ли работодатель уволить научного сотрудника так, чтобы суд его не восстановил? Казалось бы, проще простого: не выполняет сотрудник своих должностных обязанностей по публикация – прямой путь к увольнению. Однако не все так просто. Некоторое время назад у нас именно так уволили сотрудницу, которая подала иск в суд и суд обязал ее восстановить. Да, представитель работодателя показал, что она опубликовала меньше работ, чем требовалось по должностным обязанностям, но… Уволенная сотрудница предъявила результаты публикаций других сотрудников и вот тут выяснилось, что в институте есть люди (и их много), которые также не выполняют этих норм, причем «недобирают» значительно больше статей, чем она. Но их не увольняют. Судья обратился с вопросом «почему?» и этот вопрос не получил внятного ответа. Вот поэтому я к подобным статьям отношусь с большим скепсисом: если подходить к «чистке» кадров, то не ограничиваться «точечными акциями». Хотя я отлично понимаю директора Ботсада, который столкнулся с вопиющей ситуацией. Столкнулся, но не нашел такого варианта, который позволил бы ему избавиться от скандальной сотрудницы так, чтобы ее не мог восстановить суд. Я даже не знаю – существует ли такой способ?! (не считая увольнения в связи с сокращением кадров).

Будни систематика
N2
olnud
Позавчера вроде как был день систематика (получил поздравления от одного знакомого). В интернете такого не нашел, но, вероятно, так и есть. Поздравляю всех коллег!
Как проходит неспешная работа обычного дармоеда систематика, живущего на краю самой большой страны в мире? Прислали финальный вариант нашей статьи с москвичами, в которой описывается новый вид немертин, живущий на морских ежах. Это первый описанный случай подобной ассоциации.



В 1991 г. я описал новый род немертин Asteronemertes, два вида которого живут между амбулакральными ножками морских звезд, и с тех пор других немертин-симбионтов иглокожих никто не описывал. Теперь есть еще один вид – Cephalotrichella echinicola с неправильных морских ежей прибрежных вод Вьетнама. Эту интересную немертину нашли коллеги из ИПЭЭ во главе с Темиром Алановичем Бритаевым, которому я очень благодарен за очень приятное сотрудничество. Интересна она тем, что относится к классу палеонемертин – самой базальной группе немертин. До сих пор был известен только один симбиотический вид из этого класса – загадочный Cephalothrix galathea с декапод-галатеид, который описали в 19 веке и с тех пор его никто не находил. И в этом есть один удивительный феномен: во многих типах и классах беспозвоночных симбионты (в широком понимании, то есть и паразиты) отсутствуют или очень немногочисленны в базальных (древних) группах и многочисленны в эволюционно-продвинутых. Такую ситуацию мы можем наблюдать у плоских червей, нематод, брюхоногих моллюсков, двустворок, ракообразных, насекомых и т.д. Среди немертин описано около 50 видов, находящихся в симбиозе с ракообразными, двустворчатыми моллюсками, асцидиями, актиниями, эхиуридами, но практически все эти виды относятся к эволюционно продвинутой группе вооруженных немертин. Поэтому описание нового вида-симбионта среди палеонемертин – событие. Вид был описан в стиле интегративной систематики, то есть с привлечением разнообразных методов: классическая гистология, лазерная конфокальная микроскопия, сканирующая и трансмиссионная электронная микроскопия и ДНК анализ с использованием 5 генных маркеров. Мне очень приятно писать, что подобный комплексный подход к описанию новых видов практикует только моя группа – для иностранцев это практически недосягаемо. Картинки получаются очень красивые.



***
Неспешно работаю над статьей по ультраабиссальным немертинам – первая подобная работа. Три новых вида, два новых рода – это только то, что будет описано. Разнообразие немертин в ультраабиссали оказалось значительно больше, чем можно было ожидать, и описать все это разнообразие в ближайшие годы практически нереально.
***
Прислали очередную версию статьи с описанием нового вида на очередную рецензию – я сбился со счета, какой это вариант. Статья на русском языке (причем не очень хорошем), автор практически не пишет на английском. Я не специалист по этой группе, но все специалисты-систематики отказались – есть такие ученые, связываться с которыми никто не хочет (боятся «выноса мозгов»). Как сказала одна из коллег: «Было бы лучше, если бы этот систематик не описывал новые виды вообще». И, между прочим, этот автор из самого известного зоологического НИИ России…

Когда сперма убивают
N2
olnud
У суперизвестной нематоды Caenorhabditis elegans, за исследование которой давали Нобелевскую премию, есть родственники – другие виды Caenorhabditis. Они менее изученные, но все же их иногда привлекают для определенных экспериментов. В частности – опыты по межвидовой копуляции. И сделанное в этом направлении открытие оказалось очень необычным. В статье «Intense Sperm-Mediated Sexual Conflict Promotes Reproductive Isolation in Caenorhabditis Nematodes» за 2014 г. показано, что спермии одного вида нематод способны убивать яйцеклетки другого вида. В норме, при обычном оплодотворении (включая самооплодотворение у гермафродитов), спермии выделяют major sperm proteins (MSPs), которые стимулируют созревание ооцитов у партнера. При межвидовом оплодотворении спермии не церемонятся с чужеродными ооцитами.



В другой статье «Nematode sperm may go rogue: When worms crossbreed, male sex cells can kill partners» (2014) исследователи пометили сперматозоиды одного вида нематод, который оплодотворил особь другого вида (я не пишу «самка-самец» с учетом гермафродитизма). Оказалось, что чужеродные спермии покинули половую систему и начали распространяться по телу нематоды (красные точки). Когда «моча ударяет в голову», то последствия могут быть разными – что говорить о проникновении спермиев в голову, причем явно агрессивных амебоидных спермиев!




Каково значение этого странного феномена? Полагают, что один вид таким образом устраняет особей другого конкурирующего вида. При этом один вид должен вести себя сексуально агрессивно по отношению к другому ИЛИ же сексуальные контакты носят случайный характер, и если уж драгоценные спермии одной особи были потрачены «впустую», то пусть хотя бы послужат на пользу виду.

Страсти вокруг мозгов тихоходок
N2
olnud
Здесь я коснулся проблемы головы тихоходок. Если кратко, то существует две основные гипотезы: 1) согласно unipartite hypothesis голова тихоходок соответствует первому сегменту онихофор и «нулевому» (=первому) сегменту членистоногих; 1) согласно tripartite hypothesis голова тихоходок соответствует трем первым сегментам онихофор и членистоногих.



В прошлом году вышло две статьи, в которых авторы обосновывают правомочность первой гипотезы. В «Segmentation in Tardigrada and diversification of segmental patterns
in Panarthropoda» проведен анализ данных по экспрессии ряда генов, на основе чего и был сделан вывод о том, что в голове тихоходок не «вложены» зачатки трех сегментов. В статье «A Hypothesis for the Composition of the Tardigrade Brain and its Implications for Panarthropod Brain Evolution» авторы проанализировали строения мозга различных тихоходок. Ранее разными исследователями были выделены три типа строения мозга, которые в настоящей статье были «наложили» на филогенетическое древо.



Для одного и того же вида разные авторы могут приводить разные типы строения мозга. Авторы настоящей статьи приходят к выводу, что тип 2 (мозг с тремя парами ганглиев) в реальности не существует и мозг тихоходок устроен однотипно, без признаков сериальности. Напомню, что в этой работе исследователи отстаивали сериальное строение мозга, и поскольку работа вышла всего лишь в 2012 году, получается, что в недостоверности обвинены не покойники, а ныне работающий коллектив. На мой взгляд, это говорит о том, что даже в вопросе устройства какой-то структуры возможны разные интерпретации, когда исследователь «видит» то, что укладывается в его идею, и не видит ничего другого. Лучше сначала видеть и только потом накладывать увиденное на некую гипотезу.

В первой статье мне очень понравилась вот эта схема, отражающая два взгляда на положение тихоходок среди панартропод.



Суть в том, что у тихоходок в каждом туловищном сегменте есть парные ганглии, но ганглии второго сегмента не преобразованы в дейтоцеребрум, т.е. не входят в состав мозга. У онихофор все наоборот: туловищная нервная система лишена ганглиев, а ганглии второго сегмента преобразованы в дейтоцеребрум. Слева приведено древо, на котором «обыгрывается» гипотеза базального положения тихоходок, согласно которой предки панартропод имели туловищные ганглии. Справа приведено древо, на котором предки панартропод лишены туловищных ганглиев, т.е. наиболее рано обособились онихофоры. «Ахиллесовой пятой» левой гипотезы является то, что трудно объяснить полную редукцию туловищных ганглиев у таких довольно крупных сегментированных животных, как онихофоры. Правая гипотеза предполагает двукратное возникновение дейтоцеребрума (хотя, на мой взгляд, в ней допустимо, что предки имели дейтоцеребрум, но у тихоходок он редуцировался). Очевидно то, что именно тихоходки сейчас считаются узловой группой, от положения которой зависят наши представления о происхождении панартропод.