Category: наука

Category was added automatically. Read all entries about "наука".

N2

Едва заметная литораль

Литораль Японского моря – самая нелюбимая литораль у отечественных литоральщиков. Самый знатный российский литоральщик, Олег Григорьевич Кусакин, морщился, когда слышал «литораль залива Петра Великого»: «Да какая здесь литораль?! Вот на Курилах….». Гидробиолог, видевший в Охотском море приливно-отливные колебания моря в 9 метров, может просто не заметить полуметровую амплитуду колебания в Японском море. Да что там метровую: когда летом дуют ветра с юга, нагоняя воду к берегу, даже крошечные отливы могут не наблюдаться неделями. Зато осенью можно увидеть вот такую картину:





В это время сизигийные отливы часто накладываются на дующий от берега северный ветер, обнажая по максимуму литораль, а то и верхнюю кромку сублиторали. Конечно, это не то, что на Белом море, но все же есть и литорины, и морские блюдечки (и, в отличие от Белого моря, их здесь много видов!). Для сравнения: на юге Приморья в Японском море на литорали обитает 75 видов раковинных брюхоногих моллюсков, а в Белом и Баренцевом морях с их роскошными литоралями – только 23.
Причина небольших отливов в том, что Японское море - полуизолированный водоем, соединяющийся с другими морями узкими и относительно мелководными проливами. Вода, притягиваемая луной, не может «покинуть» водоем так, как это происходит в Охотском море. Кстати, в еще более изолированном Черном море настоящей литорали вообще нет.
Из-за неправильности отливов и малую амплитуду приливно-отливных колебаний япономорскую литораль трудно разделить на классические верхний, средний и нижний горизонты. Л.Н. Перестенко вообще пришла к выводу, что на япономорской литорали можно выделить только два горизонта – верхний и нижний. Ее, конечно, не поддержали, но проблема «среднего горизонта» осталась.
N2

Покорить "шведский Эверест"

В Zoologica Scripta наконец вышла наша статья “A molecular phylogeny of Tetrastemma and its allies (Nemertea, Monostilifera)” – вот с таким деревом:


Чтобы понять объем отсеквенированного материала, скажу, что до этой статьи в GenBank были всего два вида Tetrastemma (можно перевести как "четырехглазки"), для которых были получены 4-5 генным маркеров. Мы отсеквенировали несколько десятков видов. Для нас неожиданным стало то, что подавляющее большинство видов этого рода попали в одну кладу, хотя никаких надежных и даже ненадежных синапоморфий для тетрастемм выделить нельзя, и можно было ожидать полифилию рода. Полифилия была (несколько видов не попали в кладу Tetrastemma), но очень скромная. Вторая неожиданность – виды сгруппировались в клады по тому, в каком океане они обитают. Например, в Тихом океане обитает вид, который до 1998 г. определяли как Tetrastemma coronatum (последний распространён у берегов Европы). В 1998 г. особи из Тихого океана были описаны мной как Tetrastemma pseudocoronatum. И вот теперь оказалось, что Tetrastemma coronatum и T. pseudocoronatum принадлежать к разным кладам, «привязанным» к Атлантике и Пацифике соответственно.
Однако не об этом я хотел рассказать. Zoologica Scripta имеет репутацию очень крутого международно-шведского зоологического журнала, в который просто так не сунешься. Опубликовать там статью по немертинам еще сложнее, так как главный редактор журнала - известный специалист по немертинам, которые ревностно следит за растущей публикационной активностью других авторов. Первую попытку направить туда статью я сделал в 2016 г. Тогда мы получили рецензии с замечаниями (а редактор еще потребовал вынести описание всех новых таксонов в Suppl. Matherials), но без reject, и внесли всё, что просили рецензенты и редактор. На втором туре один из рецензентов написал, что авторы все учли, но… статья не уровня Zoologica Scripta. Филогенетическое дерево на основе 5 генов, конфокальные картинки и… «не доросли еще». Мы опубликовали статью в другом журнале, но у меня остался «зуб» на ZS и я решил, что попробую покорить этот журнал в будущем. С новой рукописью всё прошло лучше, однако рецензии были не всегда приятными. На первом круге один рецензент заявил, что мы не должны делать каких-либо номенклатурных изменений (у нас были новые комбинации и новый род), поскольку это противоречит принципу стабильности зоологической номенклатуры. Полный абсурд, но мы все же отказались от нескольких новых комбинаций. Были и другие странные замечания, которые мы как-то смогли обойти.
При повторном рецензировании мы получили вот такое замечание:
Although the manuscript has been edited by a native speaker (one of the co-authors), I still would like to comment on the usage of tenses, especially throughout the results section: I have learned that, since results are “timeless”, their presentation is formulated in present tense, not, as has been done in the manuscript, in past tense.
Давняя проблема, в каком времени описывать результаты – в прошедшем («анализ показал…», «род оказался в кладе…» - «анализ показывает», «род оказывается в кладе…»). Мой американский коллега, который тщательно вычитывал текст, только развел руками: «I have always been ambivalent about whether results and discussion should be in past or present…». И все же он очень корректно перевел результаты в «настоящее». Статья вышла, я поставил флажок на взятый шведский Эверест и решил, что больше туда соваться не буду – слишком много сил уходит на восхождение.
N2

Как я стал палеонтологом

Вышла новая статья: «New species of latest Eocene/earliest Oligocene microgastropods (Heterobranchia: Orbitestellidae and Omalogyridae) from the Gries Ranch Formation, Lewis County, Washington State, USA». Это мой первый опыт в описании ископаемых видов моллюсков. Началась эта история в конце прошлого года, когда американский палеонтолог James Goedert написал мне письмо, в котором он предлагал совместную работу по описанию двух видов микрогастропод из позднего эоцена – раннего олигоцена. Как выяснилось, в США далеко не в каждом университете есть возможность поработать на сканирующем электронном микроскопе (для крошечных раковин это обязательная процедура). Лет …надцать назад я описал три новых вида микрогастропод, поэтому ко мне и обратились. Вопреки ожиданиям, материал пришел довольно быстро. Меня больше интересовала совсем крошечная гастропода из рода Ammonicera диаметром чуть больше 0.5 мм. Сначала я не мог найти отличий от другого (описанного в 1990-х) вида, найденного в той же формации в отложениях раннего эоцена. Джим написал, что вряд ли один и тот же вид мог жить 15-20 млн. лет. Я присмотрелся и нашел отличия, но походя выяснил, что там не один, а два новых вида Ammonicera. Описания составлял медленно, так как приходилось не только вспоминать давний опыт, но и смотреть новую терминологию. За последние 15 лет было описано много новых Ammonicera, которые различаются, прежде всего, строением протоконха (личиночной раковины, сохраняющейся у взрослой особи). Помог Эмилио Ролан – крупнейший спец по аммоницерам и прочим микрогастроподам одновременно врач-педиатр: он прислал хорошую подборку литературы, которую нереально было достать даже в библиотеке ЗИНа. Эмилио очень любит публиковаться в малоизвестных и труднодоступных журналах, издаваемых разного рода любителями раковин. Хотя было и так ясно, что виды у нас новые, все же требовалось провести сравнение. Особенно увлекло изучение раковин на электронном микроскопе: интересно «бродить» по их поверхности так, словно это маленькая планета. Надо сказать, что раковины оказались очень хорошей сохранности, хотя от «грязи» избавиться не удалось. Вот так выглядит один из новых видов:



Джим написал: "Was this your first time working with fossils? Now you are a paleontologist too…."
N2

После некролога


Вышла моя статья с описание Metaruncina antoni – крошечного заднежаберного моллюска из Вьетнама. Вид назван в память об Антоне Чичвархине, которого не стало в прошлом году. Антон занимался много чем – и бабочками, и моллюсками, и морскими звездами. Довольно много его статей посвящено заднежаберным, что послужило причиной разного рода конфликтов, поскольку есть у нас в стране пара специалистов (супруги), которые свято верят, что никто другой в РФ не может заниматься этой группой без их одобрения (обозначу их для удобства М&K). А если кто-то занимается, то они – «воры», «жульё», «дилетанты», которые занимаются "травлей" М&К. Когда Антона не стало, его московская коллега подготовила небольшой некролог для нашего малакологического бюллетеня. И тут же М прислал письмо, в котором призывал (с угрозами) не публиковать этот некролог, поскольку, если его опубликуют, то это будет продолжение «травли» со стороны «воров» и «жулья». Некролог опубликовали (к слову, в нем не было ничего об М&К), но меня эта история так задела, что я решил назвать новый вид в честь Антона – продолжить, так сказать, «травлю» М&К. Вот так родилось это название.
Чем интересен этот моллюск? Его радула непохожа на большинства других видов семейства Runcinidae – ее описывают как «рудиментарную». Вот как она выглядит:



По моему мнению, это ювенильная радула, которая сохранилась у взрослых особей, в то время как нормальная радула не развита. Действительно, у рунцинид сначала закладывается ювенильная радула, а потом она замещается дефинитивной обычного строения. А у этого моллюска такого не происходит – результат педоморфоза, когда ювенильные признаки сохраняются во взрослом состоянии.
N2

Фрагментарное 122

Пишу редко – суета будней… Весь март и большую часть апреле я и некоторые мои коллеги жили в ожидании «быть или не быть» экспедиции в Берингово море с немцами. Немцам не давали визы – с огромным трудом наш международный отдел смог их пробить через МИД. Но сломалась лебёдка. Она сломалась еще раньше, но ее чинили март и апрель, однако без явного успеха. А еще раньше сломался эхолот – купили новый, но его застопорили на границе из-за санкций. Всё не работало месяц назад, но когда это не работает сейчас, то московские чиновники неожиданно всполошились и начали уверять, что «вот-вот всё починят».
***
Недавно была редколлегия нашего журнала «Биология моря». Представляют обзор одного сотрудника: рассуждения о формировании видов красноперок без серьезного анализа генетических данных. Один из рецензентов написал, что можно публиковать – «вреда не будет». Потом рассматривали другой обзор этого же автора по генезису целого отряда рыб – и опять там практически нет молекулярно-филогенетических данных. «Вреда не будет». Под этим мемом рассмотрели не одну рукопись.
***
Никто не встречал на отечественных научно-популярных сайтах ссылок на статью 2005 «An obligately photosynthetic bacterial anaerobe from a deep-sea hydrothermal vent»? Хотя статья «старая», я ее увидел только недавно – и тут же включил в лекции. Шутка ли, зеленые серные бактерии с глубины 2,9 км фотосинтезируют за счет свечения гидротерм, в том числе инфракрасного (судя по спектру поглощения)! Как-то это прошло мимо меня, и мои коллеги тоже ничего такого не слышали. Есть ли продолжение у этих исследований?
N2

Страшное Я

Помню, как в начале 90-х мне в руки попал очередной сборник Зоологического института «Эволюционная морфология животных». Я читал одну статью за другой, и все было привычно, пока не уткнулся в статью Збигнева Кабаты – известного специалиста по паразитическим копеподам и незаурядной личности (о нем я писал здесь). Кабата свободно владел русским, и его статья резко выделялась свободным стилем и употреблением местоимения «я» и его производных. Как принято у нас: «Мы полагаем….», «По нашему мнению,…» - и неважно, написана статья одним автором или несколькими. А тут: «Мой ход мысли, как было показано выше, привел меня…», «Я предполагаю….» ("мы" он тоже использовал, когда писал от лица специалистов в данной области). Я был в шоке, понимая, что так писать в научных статьях обычным смертным запрещено, и такое текст то ли архаично-дореволюционен, то ли противопоставляет себя мировому коллективу ученых (учтите, что речь идет о временах СССР). Прошло время, многое изменилось, но остался особый стиль написания научных и научно-популярных текстов, в которых автор сознательно или на автомате избегает употребления местоимения «я», но при этом «мы» тоже отсутствует. В определенной степени это даже высокого уровня мастерство увлекательно написать максимально безличный текст (а то и книгу). Признаюсь, в последнее время меня такие обезличенные текст начали немного «напрягать» и вот почему. Читаю текст: «Наличие этих структур является важным признаком, сближающим новый род с ….». Перечитываю так, как должно быть: «По моему мнению, наличие этих структур является важным признаком….». Чувствуете разницу? Когда читаешь научный текст, то отсутствие ссылок на другие работы является косвенным указателем того, что это мнение автора(-ов). Но в научно-популярных текстах строгое цитирование не практикуется, и в итоге ты уже не знаешь, где мнение автора (пусть и не оригинальное), а где – что-то принятое большинством. Создается иллюзия, что весь текст – это то, что принято если не всеми, то большинством ученых. При этом действительно оригинальная идея автора может затеряться в этом «коллективном бессознательном». Боимся мы «я», не любят его рецензенты и редакторы… И «мы» тоже боимся.
N2

It takes two to tango

Попалась статья с интригующим названием: "It takes two (centrioles) to tango". Речь в ней о том, что долгое время было непонятно, откуда в зиготе берется вторая центриоль, поскольку яйцеклетка центриолей не имеет, а сперматозоид содержит одну полноценную центриоль. Но оказалось, что имеющаяся в спермиях атипичная центриоль при всей своей атипичности тоже сохраняется в зиготе и формирует вторую центриоль. Это означает, что все центриоли в нашем организме от отцов (а митохондрии - от матери). В общем, обо всем этом можно прочесть в самой статье, я же в очередной раз беру на заметку, как через название статьи можно привлечь читателя. И это при том, что слово tango в тексте встречается только в заголовке.
N2

Наш ответ Новосибирску

Собственно, вот:


ШР - штатное расписание
ГЗ - гоззадание (не знаю, что это такое)
Главный - левый столбик, это реальная зарплата со всеми надбавками. Да, средняя температура по больнице, но все же речь идет не об администрации, бухгалтерах и т.д. - это научные сотрудники. Примечательно, что средняя зарплата младших научных сотрудников выше, чем у научных, а у ведущих - выше, чем у главных.
N2

Черви «нет»

Вышла хорошая статья Interstitial Annelida, посвященная наиболее аберрантным полихетам. Интерстициальные (живущие между песчинками или где-то еще, но имеющие мелкие размеры) кольчатые черви давно привлекали внимание своим «архаичным» строением. Не случайно многие из них в своё время были выделены в ныне не существующий класс Archiannelida (= древние аннелиды). Вот, например, Apharyngtus: параподий нет, щетинок нет, придатков на голове нет, да еще тело покрыто ресничками. У классических кольчатых червей минимум имеются щетинки, а кутикулярный эпидермис не предусматривает ресничек. У многих архианнелид есть и кутикула, и реснички.



Но Apharyngtus есть сегментация тела (пусть и неясная) – коронный признак кольчатых червей. Lobatocerebrum в своей «архаичности» зашел еще дальше: у этого червя нет и сегментации, и поэтому ученые не могли определиться с его систематическим положением (относили к турбелляриям, олигохетам и даже выделяли в отдельный тип!) вплоть до ДНК-анализа.



Можно вспомнить динофилюса, который настолько «архаично прост», что его выделяли в отдельный тип Динофилид. О нем я писал здесь https://olnud.livejournal.com/356862.html Но всё это «архаичное» великолепие рухнуло с началом эпохи молекулярной филогенетики, которая показала, что простое у этих червей появляется из-за упрощения в результате уменьшения размеров тела. Такие мысли высказывались разными учеными и в 20 веке, но надежных доказательств не было. Сейчас это общепризнанный факт. Тем не менее, интерстициальные аннелиды остаются теми формами, из-за которых в характеристику типа Annelida приходится добавлять «нет».