?

Log in

No account? Create an account
Бледный конь систематики щетинкочелюстных
N2
olnud
Новостные ленты обошли вниманием статью «Extreme Mitogenomic Variation in Natural Populations of Chaetognaths», вышедшей в прошлом году. Суть ее в следующем: авторы изучили митохондриальный геном двух морфовидов щетинкочелюстных, собранных в одном месте, и установили огромную (точнее – самую высокую среди животных) внутривидовую вариабельность этого генома. Фактически, разные особи этих двух видов по митохондриальному геному могут различаться больше, чем человек и утконос.



Простое объяснение о том, что каждый из морфовидов представлен комплексом криптических видов, кажется очевидным, но загвоздка в том, что ядерные генные маркеры не выявили дискретностей, которые позволили бы говорить о самостоятельных видах. Авторы не пришли к выводу, имеется ли в данном случае репродуктивная изоляция между отдельными «митохондриальными линиями» хетогнат, но не исключают ее. К сожалению, из трех ядерных маркеров, приведенных в работе, только один реально вариабельный. Очевидно, необходимы дальнейшие исследования.
Меня эта статья заинтересовала тем, что именно в систематике хетогнат имеются две альтернативные точки зрения. Первую отстаивает А.П. Касаткина, которая описала невероятное число новых видов и родов, считая, что видов хетогнат очень-очень много. Вторая точка зрения – официальная и отражена во всех мировых базах данных: число видов около 120, а всё, что описала Касаткина, нужно забыть как страшный сон. И теперь этот страшный сон стал маячить бледным призрачным конём, которые неизвестно куда помчится и к чему это всё приведет. Я, ведь, являюсь абсолютным противником подхода Касаткиной и не пропускаю в печать ни одну из ее статей, которые проходят через меня.

Письмо тридцати
N2
olnud
Только что в Zoologica Scripta было опубликовано Letter to the Editor с названием «Nemertean taxonomy—Implementing changes in the higher ranks, dismissing Anopla and Enopla». Под письмом подписалось 30 человек – практически все, кто хоть как-то связан с изучением немертин (включая студентов и аспирантов). Суть в следующем: предлагается навсегда отказать от просуществовавшего более 150 лет разделения немертин на две группы – Anopla (невооруженные) и Enopla (вооруженные). Обычно их считают классами, и такое разделение принято практически во всех учебниках по зоологии и во всех википедиях. Однако Anopla – парафилетическая группа, на что обращали внимание многие авторы. Взамен этой искусственной системы в письме предлагается делить немертин на три класса: Palaeonemertea (палеонемертины), Pilidiophora (пилидиофоры) и Hoplonemertea (гоплонемертины или вооруженные немертины). Выделенный мною класс Arhynchonemertea решили не упоминать, поскольку систематическое положение единственного входящего в него вида (Arhynchonemertes axi) остается неясным.

Фрагментарное 99
N2
olnud
В ФНЦ Биоразноообразия ДВО РАН (бывший Биолого-почвенный институт) неожиданно не утвердили в качестве директора человека, которого выбрал коллектив и который до этого достаточно долго был врио и ио. Не утвердило министерство. По правилам он уже не может быть ио (истекли все сроки) и теперь Центр остался без руководителя. Срочно как врио оформляют энтомолога, но, похоже, он не спасет ситуацию, поскольку Мордор министерство явно хочет видеть на этом месте другого человека. А сотрудники остались без премий.
***
Прошла информация, что РФФИ решил давать гранты тем инициативным проектам, где руководитель публикуется в журналах с Q1. Теперь Zootaxa явно не пройдет.
***
У нас неожиданно и в срочном порядке решили открыть лабораторию глубоководных исследований. Это новое веяние: выделяются деньги на создание лабораторий с перспективной темой, где 2/3 сотрудников (а их должно быть не менее 10) должны быть до 39 лет. Откуда возьмут эти 2/3 – загадка. Все, кто у нас связан с глубоководными исследованиями, категорически не хотят ввязываться в эту авантюру даже за деньги.
***
В последнем номере Invertebrate Zoology вышла статья о новой находке глубоководной бентосной сифонофоры из семейства Rhodaliidae. Да, есть такие – описаны в 19 веке, встречаются редко, а тут были сделаны великолепные фотографии и видео в естественных условиях с помощью нашего (= принадлежащего нашему институту) подводного аппарата.


Наутилус, ты не одинок!
N2
olnud
Вчера готовился я к лекции по головоногим моллюскам: в полной уверенности о том, что Nautilus – единственный современный род наутилоидей, я все же заглянул в Википедию. И был удивлен: теперь выделяют два современных рода – Allonautilus и Nautilus. Начал копаться в литературе. Род Allonautilus выделили, конечно, палеонтологи, и случилось это 1997 г. Различия видны невооруженным взглядом: у Allonautilus более открытый пупок – настолько, что можно различить все обороты.



Особенно хорошо это видно на поперечном спиле раковин двух родов:



Казалось бы – отличный признак! Но у некоторых видов наутилусов пупок тоже широкий, хотя и не настолько. Еще один отличительный признак между двумя родами – структура периостракума (наружного слоя раковины), который у аллонаутилуса развит намного лучше, чем у наутилуса. А вот в анатомии существенных различий найти не удалось, что, однако, не столь важно, особенно для палеонтологов. На построенной по морфологическим признакам кладограмме видно, что род Nautilus более продвинут (в анализ включены также ископаемые роды наутилоидей) и эволюция в этой группе шла в сторону «закрытия» пупка.



В Википедии находим (в русской дан перевод с английской статьи): «Род Allonautilus считается потомком Nautilus, что делает последний парафилетическим». На самом деле авторы оригинальной статьи допускаю типичную для палеонтологов «ошибку»: кладограмма не показывает отношения «предок-потомок» и мы не можем с уверенностью говорить, что предком наутилусов был именно род Allonautilus. И парафилия наутилуса связана совсем не с новым родом, а с вымершими представителями, которые в кладограмме занимают более терминальное положение (что очень спорно, поскольку они относятся к другому семейству, и это уже требует перекройки уже системы наутилоидей). Однако отбросим эти нюансы и двинемся дальше. Конечно, возникает вопрос, как такое разделение на два рода поддерживается молекулярно-филогенетическим анализом? В 2011 г. вышла статья «Evolutionary radiation of present-day Nautilus and Allonautilus», в которой на основе анализа двух генных маркеров (COI и 16S) подтверждено разделение на два рода. Но в 2014 г. вышла другая статья, «The mitochondrial genome of Allonautilus (Mollusca: Cephalopoda): Base composition, noncoding-region variation, and phylogenetic divergence»: в ней проанализированы митохондриальные геномы типовых видов двух родов и показано, что степень дивергенции между Nautilus и Allonautilus меньше, чем между видами рода Octopus. И здесь мы упираемся в то, можно ли считать маленькие генетические расстояния основанием для объединения родов при наличии некоторых морфологических различий. Вполне возможно, что изменения в митохондриальном геноме у таких реликтов, как наутилусы, шли намного медленнее, чем у более молодых и успешных осьминогов. Так или иначе, но род Allonautilus в настоящее время практически всеми признан, и это означает, что Nautilus вовсе не одинок в этом «безумном кайнозойском мире».

Частный случай из жизни Wiki
N2
olnud
Пару слов о том, как может искажаться информация в англоязычной Википедии. В 2014 г. вышла очень интересная работа Карпова с соавторами «Morphology,phylogeny,andecologyoftheaphelids(Aphelidea,Opisthokonta)andproposalforthenewsuperphylumOpisthosporidia». В ней выделена новая группа грибов (в широком смысле) - Opisthosporidia. Вот как обозначен объем этой группы на филогенетической схеме:



А теперь посмотрите, что дает Википедия:
https://en.wikipedia.org/wiki/Opisthosporidia

Опистоспоридий фактически приравнивают грибам в широком смысле. Я просмотрел все приводимые там ссылки – нигде нет такой трактовки. Очевидно, что это ошибка, которая сделана как в древе, так и в классификации справа, то есть не просто опечатка. Увидел я это после того, как студент сообщил мне, что мои лекции и википедия расходятся в трактовке этой группы. Вывод: все нужно перепроверять в первоисточниках!!!

Преподавательское: классика
N2
olnud
Кто-то принес на кафедру росток какого-то растения в крошечной баночке из-под йогурта. Месяц баночка стояла, не привлекая никакого внимания. Мне стало жалко растение, и я пересадил его в небольшой горшочек. И как только я это сделал, мне тут же начали говорить, что надо было купить горшочек побольше. Классика!
***
Вчера увидел тезисы одной очень интересной конференции. И расстроился. В одном тезисе коллеги использовали хотя и опубликованные, но все же совместно полученные результаты, выбросив из соавторов всех «лишних». Я не против, но в таких случаях можно спросить: «Вы не против?». Есть же элементарная научная этика… Или уже нет? О другом тезисе я даже писать не хочу, поскольку его авторы иногда читают мой ЖЖ. Это было вчера – сегодня это уже устаревшая классика, поскольку нужно двигаться вперед!)
***
Есть у нас один, разделенный на трех докторов, спецкурс для магистров. Так получилось, что один из докторов постоянно болел или был занят (все-таки 80 лет!), второго то не устраивали как совместителя, то он был в командировке. Занятия вел я. Одурев и озверев от того, что от коллег нет никакой помощи, я обратился ко второму коллеге, административные ресурсы которого позволяют найти замену в лице аспирантов (у которых даже есть педнагрузка!). Молчание. Зам.завкафедрой написала – тоже молчание. И человек, ведь, хороший, уважаемый мной, в фейсбуке красивые фотографии помещает, а ответить на письмо нет времени. Классика!
***
Объявилась злостная «хвостистка». Весной не сдала ни одной контрольной. Пришла в октябре. К первой комиссии не была допущена. Ко второй – тоже. Но ее все равно не отчисляли – у них какая-то бесконечная система комиссий по пересдачам. Медленно делала контрольные, раз в неделю присылала индивидуальные задания. Последнее задание я ей простил и написал, что допускаю к комиссии (10 декабря!). В ответ не было даже «спасибо!». И это, увы, стало классикой.
***
Для 4 курса у нас поставили новый лекционный курс: «Палеобиология». Нашли сотрудницу, у которой опыт преподавания палеонтологии у геологов, причем она автор пособий по определению ископаемых беспозвоночных. Осталось сделать РПУД и… отчитать этот лекционный курс один раз. Вы не ослышались: один раз в одном семестре для конкретных студентов. У следующих студентов этого лекционного курса уже не будет, так как они поступали по другой программе. В 2020 г. мы (трое преподавателей кафедры) должны в течение года провести лекционно-практический курс по методике научной работы. К этому курсу нужны УМКД и РПУД, но лишь на один год, так как в 2021 г. его уже не будет. Такой дурдом из-за того, что 3-4 года у нас каждый год менялась парадигма образовательной программы для студентов, которые поступали в вуз. У студентов нынешнего 1го курса, например, не будет специалитета, они не будут распределяться по кафедрам. В январе решили не делать классическую сессию, поскольку почти сплошь преподаватели договариваются со студентами о сдачи экзаменов до сессии. И хотя после новогодних праздников еще две недели занятий (из-за того, что занятия начали в конце сентября), большинство преподавателей уже закончило свои курсы. И это тоже бардак классика.

Фрагментарное 98
N2
olnud


На редкость теплый ноябрь сменился таким же странным декабрем. То морозы, то оттепели, и нет снега – вообще. На море у института ни льдинки – невероятно! Любители подледного лова скрипят зубами и рискуют жизнью, выходя на тонкий лед там, где он все-таки появился.
***
Прихожу сегодня на работа, а там конфеты: сотрудники-супруги нашей лаборатории отмечают «ртутную свадьбу». 38 лет совместной жизни. Вы знали о такой?
***
В наш журнал пришла рукопись: «Культивирование Spirulina platensis на водной вытяжки куриного помёта». Отклонили.
***
У нас опять отменили регистрацию кандидатов на выборы директора Центра. Уже год как тянется это «волынка» и мы живем с ВРИО.
***
На недавней защите кандидатской диссертации по генетическому анализу трематод вдруг выяснилось, что диссертант в выводы включил одну формулировку, а в статье, которую опубликовал в 2018 г., у него прямо противоположный вывод. Никто из оппонентов этого не заметил – не принято у нас читать статьи диссертантов. Но и на членов Совета это противоречие не произвело никакого впечатления.
***
В Калифорнийском университете есть традиция: на защиту PhD отводится ровно час и ни минутой больше.
***
Были же времена, когда один доктор сказал о другом во всеуслышание «Он – чирь на жопе!». Сейчас докторов становится у нас все меньше и меньше, в институте никто из тех, кто реально может написать докторскую, не хочет этого делать, а те, кто хочет, либо не может, либо явно не тянет на доктора наук. Если ситуация не изменится, то через 5-7 лет придется закрывать диссертационные советы.
***
Новые молодые библиотекари оказались куда более жесткими, чем предыдущие тетушки «советского разлива». Тетушки разрешали брать на день-два книги, которые нельзя выносить из читального зала (у меня такая книга лежала месяц). А здесь… Пришел я сегодня за журналом – он оказался на руках. Библиотекарь сказала, что не может мне сказать у кого этот журнал, так как это разглашения персональных данных. По инструкции она должна связаться с этим человеком и попросить его сдать журнал. Но все же мне показали в формуляре фамилию.
***
Журнал "Цитология" переводится на английский язык под названием "Cell and Tissue Biology". В связи с тем, что объем (число печатных страниц) "Cell and Tissue Biology" в год меньше объема "Цитологии", часть статей не переводится на английский язык и не публикуется в "Cell and Tissue Biology". Как правило, из перевода исключаются обзорные статьи. В «Биологии моря» другая новая традиция: описания новых видов публикуют либо в русскоязычной версии, либо в англоязычной – в зависимости от того, на каком языке авторы прислали рукопись.

"Я памятник себе воздвиг...."
N2
olnud
В предыдущей теме в обсуждении был затронут феномен того, что в 20 веке многие крупные зоологи пытались установить новые типы или хотя бы классы животных. Иногда удачно (как было с гнатостомулидами, лорициферами, микрогнатозоями, ксенотурбеллидами), но чаще - неудачно. С чем связан этот феномен? На мой взгляд, в 20 веке произошло снятие запрета на выделение групп высокого ранга, а также было пересмотрено понятие "плана строения" как основы для выделения типов-классов. В итоге был дан "зеленый свет" таксономическому сепаратизму, который особенно ярко проявился в систематике одноклеточных эукариот. В прошлом году вышла неприметная статья "Catalog of taxa introduced by Luitfried Salvini-Plawen (1939–2014)", посвященная крупнейшему австрийскому зоологу Салвини-Плавену, о котором я уже писал в своем ЖЖ. Наткнулся на нее случайно и сразу обратил внимание на список новых высших таксонов или названий (подклассы и выше), которые установил Сальвини-Плавен и которые почти все были игнорированы консервативным большинством. Сальвини-Плавен предложил заменить некоторые традиционные названия классов гастропод на новые, более отражающие их морфологию. Например, каудофовеат он предложить переименовать в Scutopoda, а всех остальных моллюсков объединить в подтип Adenopoda; для головоногих восстановил название Siphonopoda, всех раковинных моллюсков, исключая головоногих, объединил в группу Ventropoda. И т.д. Из всего предложенного уцелело не там много - например, подкласс Vetigastropoda. Другое дело новые виды (193) и роды (47) - они почти все валидные. Если ты хочешь остаться "в вечности", не стоит пытаться установить нечто величественное. Да, кому-то это и удается, но все же систематика любит кропотливых трудяг. К счастью, Сальвини-Плавен был, по большей части, именно трудягой, поэтому система бороздчатобрюхих моллюсков связана с его именем. Также как после А.В. Иванова осталось множество описанных им видов и родов погонофор.

Преподавательское: письмо коллегам
N2
olnud
Времени не хватает на ЖЖ… Печально, но это, похоже, «беда» многих пользователей. Сегодня писал письмо коллегам, которые ведут практические занятия по зоологии беспозвоночных. Подумал и решил выставить его здесь – возможно, оно будет полезно кому-то.
Дорогие коллеги!
Хочу обратиться к вам со следующим посланием. В сентябре я прислал вам ту системы беспозвоночных, которую я буду давать на лекциях в первом семестре. Я писал вам, что не могу требовать от вас перехода на эту систему. К сожалению, теперь я вынужден именно это требовать, и это не моя прихоть. Практически каждую лекцию в ноябре студенты робко жаловались, что на практических занятиях им дают одно, а на лекции они слышат другое. Сегодня они собрались после лекции и сообщили мне, что это очень трудно учить параллельно две разных системы, а также готовиться к вопросам по тем группам на практических занятиях, которые на лекциях я буду давать во втором семестре. Очевидно, что разнобой вредит учебному процессу, поэтому я вынужден просить вас прислушаться к моему авторитету как зоологу. Я – не только специалист по немертинам, у меня есть работы по сравнительной морфологии и эмбриологии самых разных групп животных, от книдарий до ракообразных. Я прекрасно владею ситуацией, знаю, чем живет современная зоология. Та система и тот план лекций, которую я даю – это еще не современная зоология, а зоология 10-летней давности. 15 лет назад еще шли споры относительно гипотезы Ecdysozoa, но сейчас это уже не гипотеза, а концепция, принятая во всех учебниках по зоологии, вышедших после 2008 г. В зарубежных учебниках. Наших новых нет, а то, что вышло (Буруковский и прочее) либо расширенная версия Догеля, либо малопригодно для учебного процесса. Но русскоязычная Википедия уже перешла на Ecdysozoa (см. Первичноротые). Через 10 лет даже наш пединститут вынужден будет перейти на концепцию экдизозой. Неразумно ожидать, что «ученые одумаются и все станет по-старому». Поэтому мне непонятно, зачем давать «круглых червей» как свалку представителей, которые совершенно неродственны и давно не считаются одним типом. Эдизозойная концепция неудобна тем, что нематод мы даем перед членистоногими, а не после плоских червей, «разделяя» тем самым червей вообще и гельминтов в частности. Но зато выстраивается логически внятная эволюционная линия нематоды – панартроподы – артроподы, в которой не нужно гадать, почему у предков артропод одноветвистые конечности. В общем, дорогие коллеги, чтобы в один прекрасный момент не услышать от своих коллег из столиц, что в ДВФУ читается «отстойная зоология беспозвоночных», я призываю вас координировать систему, которую вы даете на занятиях с тем, что я даю на лекциях. Если у вас есть сомнения, несогласия, вопросы и т.д. – пишите, звоните – я всегда доступен, всегда отвечу. Вы должны понять, что студенты, слушая у одних одно, у других – другое, будут принимать сторону того, кто более убедителен. У меня больше возможностей для их убеждения (хотя бы потому, что принимаю у них экзамен…), но, в то же время, я не хочу, чтобы вы оказались в положении ретроградов для наиболее умных и вдумчивых студентов. Основных изменений в системе беспозвоночных не так много, и они могут быть суммированы следующим образом (речь о том, что мы даем в первом семестре):
1) Полный пересмотр системы одноклеточных эукариот, отказ от таких групп, как Sarcomastigophora, Zooflagellata, Sarcodina, Actinopoda, Heliozoa и т.д.
2) У книдарий – выделение классов Cubozoa и Staurozoa, отказ от трактовки гидры как «эволюционно примитивной формы». Миксоспоридии – это книдарии.
3) Бескишечные турбеллярии и ксенотурбеллида – не плоские черви, а отдельна эволюционная ветвь, которую сейчас большинство зоологов считают наиболее базальной в Bilateria.
4) Типа Круглые черви в их старой трактовке не существует – это представители 6-8 типов. Гастротрихи родственны плоским червям, коловратки и скребни образуют общую группу, нематоды и волосатики – другая группа, относящаяся уже к Edysozoa, туда же относятся приапулиды, киноринхи и лорициферы.
5) Погонофоры и эхиуриды – аберрантные полихеты. Сипункулиды – аннелиды.


***
Сегодня студенты прислали вот такое милое послание:

***
В этом году есть студенты из Ганы и Колумбии. Сложно с ними - не из-за языка, а из-за очень слабой школьной подготовки.
***
Было озвучено, что в перспективе в нашем университете вернутся к факультетам и отменят школы. Но будут Departments.

Новый Йог-Сотот
N2
olnud
В этом году вышла статья питерских протозоологов с описанием нового рода солнечников (одноклеточных организмов, которых ранее относили к таксону Heliozoa): "Yogsothoth knorrus gen. n., sp. n. and Y. carteri sp. n. (Yogsothothidae fam. n., Haptista, Centroplasthelida), with Notes on Evolution and Systematics of Centrohelids". Два новых вида найдены в пробах из Индийского океана и Средиземного моря. Эти простейшие, конечно, имеют большое значение для понимания филогении центрохелидных солнечником (и об этом можно прочесть в статье). Но широкой публике куда более интересно название нового рода - Yogsothoth. Авторы рода пишут: "Genus name refers to Yog-Sothoth- the character of the novels and short stories ofHoward Phillips Lovecraft, which was described asa conglomeration of glowing spheres". Лавкрафт, конечно, создал нечто трудновообразимое, но некоторое сходство между новым солнечником и этим монстром все же можно увидеть:



Жаль только, что такую необычную находку едва ли заметят те, кто составляют ежегодный топ 10 самых необычных новых видов организмов (насколько я знаю, туда еще ни разу не попал вид, описанный российскими авторами).