olnud (olnud) wrote,
olnud
olnud

Category:

Горький опыт с сахариной

Любопытная статья Balakirev et al. DNA variation in the phenotypically-diverse
brown alga Saccharina japonica (BMC Plant Biology 2012, 12:108). Речь идет об анализе гена COI водорослей рода Saccharina (для тех, кто не в курсе – к этому роду сейчас относят все виды Laminaria из морей России). Оказалось, что этот ген у S. latissima состоит из двух половинок – одна типична на Laminariales, а вторая соответствует аналогичной половине этого гена у водорослей из порядка Ectocarpales (для сравнение приведена Petalonia). Авторы полагают, что это результат гибридизации водорослей двух порядков, но на вопрос, каким образом произошла рекомбинация митохондриальной ДНК при этой гибридизации остается для меня непонятным.
COI

Однако не это интересно: авторы предлагают на суд три древа – одно (А) сделано на первой половине гена, В – на второй половине, а С – на всем гене. Различия очевидны, и даже на последнем древе топология клады Saccharina меняется. Отсюда весьма неприятный вывод: массовый баркодинг без тщательного анализа COI наверняка выдаст парадоксальные результаты. Однако очевидно и то, что использование больших фрагментов ДНК для филогенетического анализа хотя и «поглотит чужие фрагменты», но не сведет их влияние на топологию древа к нулю, причем "пострадает" топология всего древа, а не только положение отдельного вида

clad Lam
Tags: ботаника
Subscribe

  • Черви «нет»

    Вышла хорошая статья Interstitial Annelida, посвященная наиболее аберрантным полихетам. Интерстициальные (живущие между песчинками или где-то еще,…

  • Черно-белое

    Есть у меня один новый вид немертин из Вьетнама: голова у него полностью черная, а тело – белое. Хотел я его назвать Tetrastemma albonigrum…

  • Преподавательское: онлайн экзаменационное

    Три дня принимал экзамен по зоологии - онлайн. Связь подкачала лишь однажды. Студенты должны были отвечать без подготовки, с включенной камерой.…

  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

  • 15 comments

  • Черви «нет»

    Вышла хорошая статья Interstitial Annelida, посвященная наиболее аберрантным полихетам. Интерстициальные (живущие между песчинками или где-то еще,…

  • Черно-белое

    Есть у меня один новый вид немертин из Вьетнама: голова у него полностью черная, а тело – белое. Хотел я его назвать Tetrastemma albonigrum…

  • Преподавательское: онлайн экзаменационное

    Три дня принимал экзамен по зоологии - онлайн. Связь подкачала лишь однажды. Студенты должны были отвечать без подготовки, с включенной камерой.…