brown alga Saccharina japonica (BMC Plant Biology 2012, 12:108). Речь идет об анализе гена COI водорослей рода Saccharina (для тех, кто не в курсе – к этому роду сейчас относят все виды Laminaria из морей России). Оказалось, что этот ген у S. latissima состоит из двух половинок – одна типична на Laminariales, а вторая соответствует аналогичной половине этого гена у водорослей из порядка Ectocarpales (для сравнение приведена Petalonia). Авторы полагают, что это результат гибридизации водорослей двух порядков, но на вопрос, каким образом произошла рекомбинация митохондриальной ДНК при этой гибридизации остается для меня непонятным.
Однако не это интересно: авторы предлагают на суд три древа – одно (А) сделано на первой половине гена, В – на второй половине, а С – на всем гене. Различия очевидны, и даже на последнем древе топология клады Saccharina меняется. Отсюда весьма неприятный вывод: массовый баркодинг без тщательного анализа COI наверняка выдаст парадоксальные результаты. Однако очевидно и то, что использование больших фрагментов ДНК для филогенетического анализа хотя и «поглотит чужие фрагменты», но не сведет их влияние на топологию древа к нулю, причем "пострадает" топология всего древа, а не только положение отдельного вида
