olnud (olnud) wrote,
olnud
olnud

Category:

.......не жми на тормоза!

Мне, зоологу, необычно оказаться в той отрасли науки, которая меняется чрезвычайно стремительно, а ты едва поспеваешь, понимая, что очень скоро отстанешь от лидеров. Речь о молекулярной филогенетике – направления, когда филогенетические деревья строятся на основе ДНК. В 2009 г. вышла первая статья, где я был соавтор и в которой был проведен филогенетический анализ на основе одного генного маркера (18S рРНК).



Секвенированием занимались шведы и полученное ими дерево казалось недостижимой вершиной научного прогресса. Но, к слову, шведы неверно определили родовую принадлежность одного из новых видов – Carinina ochracea: они решили, что это новый вид из нового рода. Я, изучив срезы, пришел к выводу, что это известный род Carinina, но вид в самом деле новый. Молекулярно-генетический анализ в этом плане был беспомощен, поскольку в него было включено ничтожное число видов из более чем тысячи описанных. Тогда казалось, что лидерами в этом деле будут именно шведы, но очень быстро они сошли со сцены.
В 2014 г. в совместной работе с японцами вышло второе «мое» молекулярно-филогенетическое дерево на основе одного гена – 16S рРНК. Дерево маленькое, но его задача показать, что новый вид близок к роду Oxypolella. «Мое» - в том смысле, что оно совсем не мое и сделали его японцы.



В 2015 г. вышла статья с американцами, которым я отсылал образцы, а они их секвенировали: дерево на основе 4 генных маркеров выглядит довольно внушительным. Но хороших выводов на таком дереве сделать все равно трудно – слишком мало видов было включено (хотя кажется, что много).



Уже спустя 2 года секвенированием стала заниматься моя коллега, Нила Полякова, и достаточно быстро мы стали публиковать деревья на основе 5 генных маркеров (COI, 16S, 18S, 28S, H3) и с большим числом видов. Ниже дерево только по одному из классов (к слову, сейчас мы готовим дерево по этому же классу, где видов в два раза больше).



В настоящее время в мире никто не публикует столь представительных (по числу видов и геннов) деревьев по немертинам, но это лишь вопрос времени – все меняется чрезвычайно быстро. Моя коллега, занимающаяся бабочками, рассказала, что у них подобные деревья уже строятся по 8-9 генным маркерам. В 2012 г. вышла статья иностранцев, где для немертин было построено дерево по 6 генным маркерам, а в 2014 г. – по транскриптому, но почему-то эта исследовательская группа распалась и занялась другими проектами. И на этом затишье мы пока лидеры. «Пока» - максимум на 4-5 лет. Японцы уже наступают на пятки, хотя мы с ними дружим.
Tags: наука, филогения, черви
Subscribe

  • Преподавательское: расписание

    Мой приятель из Москвы прислал эту картинку, а я возьми и похвастайся: у нас расписание уже готово за 10 дней. Оказалось, что и у нас есть…

  • Преподавательское: предсеместровое

    Занятия в ДВФУ начинаются с 13 сентября – спасибо ВЭФ! И отлично, поскольку погода стоит летняя, вода в заливе 22 градуса. Даже в некоторых школах…

  • Приморье, июль, жара

    Месяц был в экспедиции по Японскому моря (о которой я напишу позже), две недели назад вернулся. Главная тема: небывалая по продолжительности жара…

  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

  • 11 comments

  • Преподавательское: расписание

    Мой приятель из Москвы прислал эту картинку, а я возьми и похвастайся: у нас расписание уже готово за 10 дней. Оказалось, что и у нас есть…

  • Преподавательское: предсеместровое

    Занятия в ДВФУ начинаются с 13 сентября – спасибо ВЭФ! И отлично, поскольку погода стоит летняя, вода в заливе 22 градуса. Даже в некоторых школах…

  • Приморье, июль, жара

    Месяц был в экспедиции по Японскому моря (о которой я напишу позже), две недели назад вернулся. Главная тема: небывалая по продолжительности жара…