Previous Entry Share Next Entry
Нудибранхологические баталии 3
N2
olnud
WoRMS (World Register of Marine Species) – крупнейшая база данных по морским организмам. Для многих это информационный ресурс № 1, поскольку достаточно полно отражает таксономический состав тех или иных групп. Конечно, все зависит от того, кто курирует конкретную группу организмов. Недавно я столкнулся тем, что одна из групп, заднежаберные моллюски, стала «заложником» куратора, который лоббирует интересы одного из наших исследователей. Сначала «поплачусь» о своем «горе». В прошлом году мы с коллегой описали новый подвид моллюсков - Japonactaeon nipponensis ussuriensis. Подвид, да еще среди морских беспозвоночных – скользкая «штука», но мы пошли на это, поскольку данные вид внесен в новую редакцию «Красной книги России», а опубликованной информации о популяции в наших водах не было. Фенотипически экземпляры из Японии (откуда он описан) и юга Приморья отличаются окраской раковины – вот мы и «рискнули» (слева - японский экз., справа – наш).



Географически популяция с юга Приморья очень изолирована: здесь вид известен только из двух бухт, где, по-видимому, находится на грани вымирания. В общем, описали. В этом году вышла статья наших вечных оппонентов, которые (о, счастье!) ВПЕРВЫЕ процитировали работу с моим авторством и пришли к заключению, что выделение Japonactaeon nipponensis ussuriensis необоснованно. Для меня было необычно, что один из авторов – полубог в систематике заднежаберных – снизошел до такой мелочи, как закрытие подвида, описанного в провинциальном журнале. Но, видимо, здесь работает «принцип иезуитов»: нельзя жалеть сил для уничтожения даже маленькой ереси. Основание для закрытия – отсутствие значимых генетических различий между нашими и японскими образцами по фрагментам COI и 16S. Для меня ничего удивительного здесь нет: среди многих моллюсков дистанции по этим маркерам небольшие даже между видами – очевидно, что для серьезного генетического анализа нужно подключать другие гены (ITS, H3, cyt b и т.д.). Но даже не в этом дело. До сих пор зоологи принимают «географическо-фенотипическую» концепцию подвида: «When geographically separate populations of a species exhibit recognizable phenotypic differences, biologists may identify these as separate subspecies; a subspecies is a recognized local variant of a species». Никаких генетических критериев подвида не существует, хотя если находят еще и генетические различия – это отлично. Но если НЕ находят – значит, просто не искали среди тех генов, которые определяют фенотипические различия. Да, вопрос дискуссионный, но вернусь к WoRMS: редактор по опистобранхиям оперативно закрыл подвиды с формулировкой «No subspecies, two names for one population». Почему одной популяцией объявлены географически изолированные и фенотипически различные «группы» особей – непонятно.

История с этим подвидом – ничто по сравнению с тем, что происходит с голожаберными моллюсками. А там WoRMS беспощадно выжигает ересь уже не на уровне подвидов… В прошлом году международная группа малакологов выпустила значимую работу Cella et al. «A radical solution: The phylogeny of the nudibranch family Fionidae», в которой радикальным образом перекроила систему нескольких семейств голожаберников. Реакция их оппонентов на эту вопиющую ересь была предсказуемой: вышла ответная статья «Ontogeny as an important part of integrative taxonomy in tergipedid aeolidaceans (Gastropoda: Nudibranchia) with a description of a new genus and species from the Barents Sea», в которой «враги» были разоблачены и преданы анафемы (при этом процитированы без российских соавторов https://olnud.livejournal.com/305091.html). И тут же эта «анафема» была обнародована в WoRMS, причем в ряде случаев редактор WoRMS просто не понимал, что он делает… Да, именно так: положение ряда родов было указано ошибочно, поскольку в опровергающей статье их положение не обсуждалось и редактору пришлось самому «додумывать», куда их деть в рамках абсолютно искусственной системы (с парафилетическими таксонами) своих фаворитов. Не буду голословным: Cella et al., на основе молекулярного анализа, выделили новый базальный род Abronica. Их оппоненты никак не обсуждают его положение (потому что «ересь» не обсуждается, а осуждается), хотя, если следовать их логике, этот род нужно выделять в новое семейство. А редактор WoRMS «затолкал» этот род в семейство Fionidae – филогенетически очень удаленное. И вот здесь я спокоен. Если мы со своим подвидом – крошечная секта, то Cella и Ко – настоящие «лютеране нудибранхологии», не признающие излишеств и готовые биться за свою точку зрения до конца. И они не будут заниматься интригами: отсеквенируют новые гены, сделают новый анализ и «закроют» непотребное. Что касается WoRMS, то я думаю, что ради авторитета этой базы там могут просто отказаться от услуг редактора, который пропихивает столь очевидно экстремальные «вещи».

  • 1
Скажите, а вы кроме окраски другие морфотличия упомянули? что

- у нашего более плавное закругление на "плечах" оборотов (у "японца" практически перелом между двумя кривыми)
- высота второго и третьего с конца оборотов у "нашего" различаются почти в три раза, а у "японца" почти равны (менее чем в полтора)
- полосы (рельефные и окраски) слева снизу около устья у нашего заворачиваются вертикальны, а у японца не больше чем под 45 градусов

Вроде бы, это не артефакт разных ракурсов изображения, даже последний признак (хотя он самый сомнительный и отчасти маскируется телом моллюска).

Или это совсем незначительно и не считается за признак? Или индивидуальные разбросы полностью перекрываются? (только тапками не кидайте, я не морфолог от слова совсем ;)

Edited at 2017-10-27 02:21 pm (UTC)

Признаки (контуры раковины) используются для разграничения видов, но могут и варьировать в пределах вида. На том материале, который у нас был, по этим признакам наши и японские образцы различались. И на момент описания у нас были сиквенсы только российских особей - была вероятность, что генетический анализ в дальнейшем покажет, что это два разных вида. Но не показал. Среди морских гастропод вроде конусов и ципрей различия в окраске между географически удаленными популяциями может быть основанием для выделения подвида даже если нет генетических различий.

Да понятно, что отсутствие (да еще значимых) отличий по фрагментам (!!!) рРНК и цитохромоксидазы (которые консервативны настолько, что используются для построение всего древа жизни) - это в данном случае ниочем (строго говоря, только о том, что регуляция морфологии могла уже разойтись, а эти - еще не успели. По отдельным генам можно только статистически время расхождения популяций засечь, если принимать мол. часы всерьез, а видообразование может происходить гораздо быстрее, чем они натикают).

Понятно также, что "контуры раковины используются для разграничения видов, но могут и варьировать в пределах вида" - это школьный курс, а я все же биофак кончал :)

У меня вопрос другой был - правильно ли я выделил отличия, значимы ли они в данном конкретном случае, и упомянули ли вы их в статье (а то в посте только на окраску сослались, вот у меня фантазия и разошлась ;)

Еще один вопрос, если можно - выделенные признаки формы более устойчивы, чем показанная вариация окраски? Не в данном конкретном случае, а вообще, в типичном. Взыграло детство натуралиста, интересно стало.

Ну и еще признак - внешняя губа у нашего в верхней трети слегка вдавлена, у японца выпукла.
-

Да, отличия выделили правильно. Вопрос по вариации формы раковины-окраски - это все очень индивидуально. Есть моллюски, у которых и то, и другое сильно варьирует в пределах вида, есть те, у которых, наоборот. Окраску раковины, конечно, "ценят" меньше, чем форму раковины, но сейчас, когда пачками открывают криптические виды, иногда оказывается, что лишнее пятнышко - маркер нового вида.
С губой - да, и это есть))

Нудибранхологические баталии 3

Пользователь sspr сослался на вашу запись в своей записи «Нудибранхологические баталии 3» в контексте: [...] Originally posted by at Нудибранхологические баталии 3 [...]

там для баркодинга используют цитохромоксидазу?

да, стандартно

А в WoRMS только беспозвоночные?
Не нашел там рыб - потому что плохо искал или они идут в отдельной базе?

База в самом деле неполная - не все группы охвачены

а что порекомендуете по Pisces?

Надо будет узнать у коллег-ихтиологов - напишу!

Самый авторитетный каталог рыб - вот этот https://www.calacademy.org/scientists/projects/catalog-of-fishes

Спасибо! Только не пойму, как им пользоваться: оцифрован ли он? )
А то до подсемейств там всё раскрывается - а ниже уже стоп-машина, кнопки не активны.

Я не смотрел...((( Но есть еще и такой ресурс http://www.fishbase.org/

о да, этим пользуюсь давно - но там картинки не выверенные )

Я мыслю со своей колокольни эволюционной биологии - хочешь построить нормальную филогенетику - сделай illumina sequencing, благо это стоит недорого, асемблинг даже неполный в контиги (достаточно длинные последовательности), выделение генов и сравнение последовательностей с уже отсеквенированными геномами нужных видов даст полную картину.

Проблема в том, что уже отсеквенированных геномов по многим группам либо ничтожно мало, либо нет вообще.

  • 1
?

Log in

No account? Create an account