November 7th, 2013

N2

Молекулярно-филогенетические курьезы. 2. Их подвиг бессмертен

В 2006-2007 г. американские орнитологи Bradley Livezey и Richard Zusi сделали непостижимое: они решили провести такой кладистический анализ птиц на основе морфологических признаков, который по объему данных был бы сопоставим с молекулярно-филогенетическими построениями. В анализ было включено 150 таксонов птиц (главным образом родов), для которых было выделено … 2954 информативных признаков. Я не могу назвать работу, в которой число признаков было бы больше 300, а тут – почти 3 тысячи! Одно только описание всех этих признаков (в сравнительно-морфологическом аспекте) заняло отдельную статью «Higher-order phylogeny of modern birds (Theropoda, Aves: Neornithes) based on comparative anatomy. I» объемом в 544 страницы! Вторая часть содержала собственно кладистический анализ. Увы, построенные деревья содержали довольно много «несуразностей» и стали своеобразными «мальчиками для битья» у молекулярных филогенетиков, поскольку многие сочли такой анализ «апофеозом морфологической филогенетики». На самом деле получилось то, что и должно было получиться: когда огромное число морфологических признаков «сваливается в кучу», то филогенетический сигнал попросту «тонет» в массе малоинформативных признаков. Другая крайность принадлежит Великому Pablo Goloboff с соавторами, который в 2009 году проделал молекулярно-филогенетические построения по нескольким генам для 73060 видов эукариот (Cladistics 25, 3) – и тоже не слишком удачно (по крайней мере, Ecdysozoa у них не выделяются).
CLA_255_f1

Видимо, оба этих «подвига» показали, что «количественный» путь не ведет к славе, хотя и обеспечивает чрезвычайно высокую цитируемость.
N2

Молекулярно-филогенетические курьезы. 3. Тыквенный пирог

Jennifer Buhay в статье “COI-like” Sequences are Becoming Problematic in Molecular Systematic and DNA Barcoding Studies (2009) не побоялась опубликовать древо (проанализированы креветки одного рода), которое демонстрирует феномен, который не относится к числу «любимых» среди молекулярных филогенетиков. Некоторые назвали его «феноменом тыквенного пирога».
Untitled-1

Привожу подпись к этому древу: An example of creating a phylogenetic tree in PAUP* using random text (Pumpkin Pie recipe). A recipe was copied and pasted directly into a nexus file subset of random sequences from Taylor and Knouft (2006). This nexus file was then opened in MacClade to truncate the sequences to the same length to accommodate the recipe. The nexus file was re-opened in PAUP* and executed. The ‘‘NJ’’ command was used to create a neighbor-joining tree and the ‘‘bootstrap’’ command was used for nodal support. All error messages were ignored. The point of the exercise was to show that anyone can insert any text into a nexus file and output a phylogenetic tree, even one with 100% ‘‘support’’ for a bogus clade. PAUP* issues warnings for spacing and symbol errors, not sequence text or homology. A thorough understanding of phylogenetic methods and theory is not required to push buttons in PAUP* to create a tree. This is a great exercise for students to perform when learning the ins and outs of PAUP* and any tree-building software.

Статья посвящена другому – тому, что в GenBank под видом COI находятся бог весь какие фрагменты – и, в принципе, туда можно поместить даже стихи Пушкина – лишь бы на английском…