?

Log in

No account? Create an account
Previous Entry Share Next Entry
Несерьезное дополнение к эпитафии по случаю скорой кончины филогенетики
N2
olnud
Через два месяца Эгги-Лу пришла на кладбище, взобралась на пригорок, прислушалась к неподвижному молчанию Клариссы и для верности бросила на могилу пригоршню червей.

Эти строки из рассказа Брэдбери вспомнились мне во время чтения статьи В.В. Алёшина «Филогения беспозвоночных в свете молекулярных данных: перспективы завершения филогенетики как науки» в новом ЗИНовском сборнике «Современные проблемы биологической систематики» (по материала одноименной конференции в апреле 2010 г.). Сборник (= «коллективная монография») оставил двойственное впечатление – более точно его можно было бы назвать материалами курсов повышения квалификации для сотрудников ЗИНа. Именно по этой причине сборник будет очень полезен для студентов и преподавателей, которые, что называется, «не в теме» - настоятельно советую приобрести его для кафедр зоологии провинциальных вузов (т.е. всем, кроме МГУ). Зоологам из НИИ сборник вряд ли пригодится – те, кто «в курсе», не найдет в нем ничего нового, а тех, кто «не в курсе» скоро сократит ФАНО (шутка). Ниже изложен текст для тех, кто «в курсе», но, боюсь, он может понравиться тем, кто «против» молекулярной филогенетики – этого бы я не хотел, поскольку высоко ценю открытия в этой области. Честно признаюсь: текст мне «заказали» именно те, кому доклад Алёшина очень понравился, но кто с ним не согласен. Я не слышал доклада, но руководствуюсь правилом, что бледные чернила лучше яркой памяти, т.е. статья – это надежнее. Саму статью следует прочесть всем преподавателям зоологии беспозвоночных и аспирантам по этой специальности – если у Вас слишком мало времени на чтение, советую сосредоточить внимание на таблицы 2 и 3, в которых перечислены (не всегда беспристрастно, но всегда толково и профессионально) важнейшие проблемы филогении Metazoa в свете молекулярно-генетических данных.

Преподавательский опыт давно научил меня с большой осторожностью относиться к ярким выступлениям, от которых «простой люд» в восторге – не важно, кто на трибуне – В.В.Малахов, В.В. Алёшин или В.В. Путин. Очень часто профессиональный лектор или оратор создает театр, в котором он и актер, и режиссер, и продюсер . Желания произвести впечатление, быть убедительным и востребованным нередко порождают спецэффекты, упрощениям, а порой и симулякры. Смерть «морфологической филогенетики» и завершение филогенетики как науки – это те два симулякра, которые проходят через всю статью Алёшина – безусловно, превосходного лектора и еще более замечательного ученого. Я так и не решил, чего в этой статье больше – веры в молекулярные симулякры или же «шпикелек» в адрес тех, кто живет морфофилогенетическим прошлым. Начинается статья с явных «шпилек» - одновременно в адрес ничем не интересующегося ЗИНа и никому не интересного А.В. Мартынова. Далее: «Когда задача реконструкции всеобщей филогении будет решена…» - это уже симулякр. Почему симулякр? Страницей ранее автор пишет, что в отношении молекулярных признаков легко выдвинуть вероятностные гипотезы об их эволюции – очевидно, что вероятностная гипотеза или правдоподобное древо не могут лежать в основе завершения какой-либо науки. Теории эволюции молекулярных признаков нет, и если таковая появится, то явно не будет единственной. Автор делает упор на истинность окончательной филогенетической реконструкции (одна истина – одна филогения), но ничего вразумительного не пишет о критериях истинности (они, фактически, сводятся к достоверности, вероятности, правдоподобию и т.д. – всему тому, что априорно предполагает некую альтернативу). Алёшин едва ли верующий человек, но текст построен так, что в нем не ставится под сомнение окончательное и бесповоротное господство кладистической парадигмы, в которой «истинное» древо должно быть полностью разрешенным (т.е. дихотомическим) и вскрывать только сестринские отношения. Допустим, что мечта В.В. воплотилась и интерактивные стены школьных кабинетов украсит истинное филогенетическое древо (вместе с истинным учебником истории). Из него (древа) мы, например, узнаем, что Животные и Грибы образуют единую кладу – убедительная гордость молекулярной филогенетики. Но возникает вопрос, который плоть и кровь филогенетики как науки: от кого произошли животные и хоанофлагеллата, кем был их предок? И вот тут молекулярная филогенетика становится маленьким робким котенком, который тянется к «морфологическому молоку»: раз мезомицетозои более примитивны, раз они более похожи на голомикот, значит, предок животных был каким-то мезомицетозоем, а попросту – грибом (на ум приходит давняя мистификация «Ленин – гриб» - как в воду глядел Курёхин!). Школьники это легко вызубрят. Но как эта проблема должна решаться средствами самой молекулярной филогенетики? Должен быть реконструирован (из древа – это вполне реалистично) геном stem-таксона и на его основе должна быть реконструирована морфология этого stem-таксона (это на данный момент практически неосуществимо, но вполне возможно в будущем). Может ли такая реконструкция быть однозначной, сможем ли мы вообще воссоздать облик организма только исходя из его предполагаемого генома? Очевидно, что в этой теме никто не в теме – значит, пока нет никаких реальных перспектив, что будет решена одна из главных проблем филогенетики как науки – проблема предка. Согласитесь, люди много чаще озабочены доказательством отцовства-материнства, нежели «братства-сестринства». О том, что на молекулярных деревьях крокодилы и птицы - сестринские группы, никого уже не удивишь, об этом и Хенниг писал. Народ хочет знать, кем был их общий предок, к какому ископаемому четвероногому они наиболее близки. Кстати, об ископаемых организмах: Алёшин только в одном месте упоминает, что палеонтологи будут работать по-старинке (что с них взять, с убогих?!). Хочу задать вопрос читателю: какая филогенетическая проблема наиболее актуальная и интересна для большинства людей? Проблема происхождения человека. У молекулярщиков здесь степень свободы ограничена провалом данных между неандертальцами и шимпанзе. Остаются бесчисленные черепушки и косточки, из которых вряд ли извлекут ДНК – и странным образом за последние 25 лет в этой области без молекулярщиков наметился колоссальный прогресс, вырисовывается несколько вполне реалистичных деревьев. Итак, гоминиды. Далее – другие позвоночные, радиолярии, брахиоподы, головоногие, трилобиты, мшанки и т.д. которые вымерли на уровнях отрядов, а то и классов, и их уже не «наденешь» на «молекулярную ёлку». Значит, пара сотен тысяч видов все же будет предметом ТОЙ «плохой» филогенетики, которая никогда не закончится – если не запретят как лженауку.

Еще один тезис в статье Алёшина: молекулярная филогенетика может обойтись «без привлечения дорогостоящего труда специалистов высшей квалификации» (речь о систематиках). Это не «шпилька» и не симулякр (автор слишком умен, чтобы верить в такие вещи), а весьма распространенный эпатаж – дескать, мы, молекулярщики, можем собрать и определить материал сами. Конечно, можете – особенно если это типовые образцы или признанные ваучерные коллекции, с которыми уже поработало не одно поколение систематиков. Но что делали бы молекулярщики, занимающиеся глобальной филогенией тех же простейших без «дорогостоящей морфологии»? Можно выделить сотню культур морских жгутиконосцев или амёб, сделать три сотни сиквенсов и получить красивое древо, на котором вместо видов будут ETI123, TE316 и т.д. – сплошное «новьё», ждущее свое морфолога на белом коне (есть морфологи-молекулярщики в одном флаконе, но у них своего добра выше крыше). И это еще ХОРОШИЙ сценарий, т.к. в других случаях древо будет с недостоверными определениями дилетантов. Молекулярщики «над этим работают» - в частности, требуют сохранять ваучерные экземпляры и типовые культуры. Но, во-первых, для огромного числа существующих сиквенсов таких экземпляров либо нет, либо они фиктивные (скажем, коллекция гребневиков или коловраток – почти мусор), а, во-вторых, число специалистов-систематиков, которые имели бы время и желание поработать с «ваучерами» и перепроверить определения, ничтожно мало и неуклонно падает. Падает именно из-за того, что это трудно, это требует многих лет специализации, и, главное, нуждается в понимании со стороны коллег биохимиков, генетиков и т.д. – в понимании того, что без специалиста-морфолога надежное (эталонное) определение образца для сиквенирования в огромном числе групп невозможно. Знаю, что московские «молекулярщики» имеют проекты по сиквенированию редких групп беспозвоночным – гнатостомулидам, ортонектидам и т.д. Предположим, соберут они ортонектиду из какой-то офиуры – у них нет иного варианта, как нести ортонектиду (вероятно, неописанную) к «дорогостоящему» специалисту высшей квалификации Г.С. Слюсареву, который скажет, что для точного определения нужно и фиксировать особо, и ультраструктуру смотреть. Гнатостомулид уже нести некому – значит, сами, по книжкам, хотя бы до рода, кое-как – т.е. недостоверно для тех, кто придет потом. В моей группе – типовые экземпляры непригодны для выделения ДНК, каждое третье определение в молекулярных деревьях вызывает сомнение. В итоге, если мы примем аксиому Алёшина, в некотором будущем мы будем иметь истинное филогенетическое древо с большим число неопределенных (морфологи уже сейчас не поспевают определять и описывать новые виды) и еще большим числом неверно определенных «терминалей». Для мега- и макросистематики небольшая погрешность в определении не так уж и важна, но истинная филогения не ограничивается уровнем типов и классов - есть отряды, семейства и уйма неописанных родов и видов. Впрочем, Алёшин и здесь непреклонен: «…проблема новых видов станет не научной, а чисто технической, почти как идентификация бактерий в клинической лаборатории». Он не написал напрямую, но, фактически, выразил мнение, что новые виды могут быть описаны и без морфологии, т.к. исследование и описание морфологии – это не технический процесс, поставленный на поток.

Россия – страна, в которую многое из хорошего и полезного часто приходит с большим опозданием, а разного рода «экстримы» - наоборот, работают с опережением. В следующем году в Германии пройдет третий International Congress on Invertebrate Morphology. На прошлых двух из уст зоологов, которые «спят с молекуляркой», прозвучало отчетливое разочарование в чисто молекулярном решении филогенетических проблем – и если Алёшин видит их решение в рамках самой молекулярной филогенетики, то «ихние зубры» уже таким оптимизмом не располагают, сетуя, что интерес к морфологии «угасает» и нужно что-то делать. В статье Алёшина очерчен только один путь - путь в молекулярно-филогенетический монотеизм. По мне старый-добрый плюрализм и спекулятивные построения альтернативных морфологических деревьев двигали ботанику и зоологию, поскольку заставляли глубже копаться в морфологии, изучать развитие «узловых» групп и открывать «промежуточные звенья» (пусть даже ложные – ничто не пропало даром). Покуда молекулярные деревья противоречивы, покуда идут споры с морфологами, наука держит верх над верой, идет «наработка» не только новых сиквенсов и новых алгоритмов, но в недрах всего этого зреет новая филогенетическая парадигма, которая, возможно, подобно теореме Гёделя, придет к выводу о недоказуемости некоторых филогенетических «теорем».

Я прекрасно понимаю В.В. Алёшина: в нашей отсталости, безденежье и консерватизме «молекулярщикам» навязывают агрессивное поведение – их результаты до сих пор вызывают скепсис у значительного числа отечественных зоологов и ботаников. Но представим почти невероятное: чиновник ФАНО прочтет и немного поймет статью Алёшина. Например, эпатажный финал: «Это не означает, что ей [= молекулярной филогенетике] не нужны финансирование и авторитет: сейчас они как никогда высоки в мире, и чем выше будет авторитет и щедрее финансирование, тем скорее современное научное поколение своей добротной работой уничтожит филогенетику, выведет ее навсегда из статьи расходов на фундаментальную науку». Вероятно, Алёшин, когда писал этот текст, не знал, что правительство в самое ближайшее время начнет избавляться от старого фонда «дорогостоящих» специалистов – и теперь этому есть научное обоснование. Что делать оставшимся? Всё прописано у Алёшина: уточнять закономерности морфологической эволюции без логического круга в рассуждениях (с. 15). Это даже не сотрудничество и не роль второго плана, а «кушать подано»… А молодые и дерзкие всех отсиквенируют и всё решат быстрее и дешевле, чем прежняя армия никчемных морфологов – им только деньжат подкиньте... Еще лучше – выставлять на торги тендеры вроде «Разработка современной системы акариморфных клещей» - кто его выиграет через 10 лет? Молодой молекулярщик с бригадой «разнорабочих» из Средней Азии. Анекдотично? Отнюдь, если учесть, что в том же ЗИНе уже появились мальчики, которые начинают осваивать группу с сиквенирования неопределенных образцов и потом с удивлением обнаруживают, что BLAST не находит сходных сиквенсов.

Далее, если хватит сил и времени, остановлюсь на частных несогласиях с В.В. Алёшиным – одноклеточных млекопитающих, поразительном сходстве сегментации артропод и аннелид (при том, что я сторонник концепции Ecdysozoa) и прочей чепухе. Хотя понимаю, что это бессмысленная затея…

  • 1
Интересно, что у гуманитариев тоже есть такие "завершители": "Оформление проекта грамматологии не только переформатирует сложившуюся дисциплинарность гуманитарного знания, но и в целом позволяет инициировать процедуру делегитимации научного статуса филологии, место которой отныне следует определить в ряду тех наук прошлого, исторический факт существования которых может вызывать сегодня разве что антропологический интерес" (ссылка в посте: http://travellersjoy.livejournal.com/145013.html).

Вообще, "смерть автора", "человека", "смерти" и т.д. - это расхожая риторическая фигура в постмодернистских текстах. Теперь вот "смерть филогенетики". Как-то скучно...

> Он не написал напрямую, но, фактически, выразил мнение, что новые виды могут быть описаны и без морфологии, т.к. исследование и описание морфологии – это не технический процесс, поставленный на поток.

Так уже встречаются.

"Bathymodiolus antarcticus Johnson & Vrijenhoek new species (Fig. 6)

DIAGNOSIS. — This species differs from B. thermophilus s.s. by the following combination of character states of its mitochondrial COI barcode: 126C, 160A, 217C, 276 T, 282 G/A, 330 T, 390A, 403 T, 504 T, 519 T, 547C, 558C, 570A, and 603C. It also differs diagnostically for exon regions the SAHH gene. Morphological differences are unknown."

Отсюда: http://www.biomedcentral.com/1471-2148/13/21/ Published: 24 January 2013.

И это не первый и не единственный. Скоро рванёт, и мы захлебнёмся.

Буквально вчера я разговаривал со специалистом по двустворкам - он мне сказал, что такого у них не будет никогда. Спасибо - перешлю))

Edited at 2013-12-04 06:58 am (UTC)

Смерть филогенетики?

Пользователь marina_fr сослался на вашу запись в записи «Смерть филогенетики?» в контексте: [...] http://olnud.livejournal.com/141209.html [...]

Других ученых у нас нет или о начале борьбы биоинформа

Пользователь sharov43 сослался на вашу запись в записи «Других ученых у нас нет или о начале борьбы биоинформатиков против биологов...» в контексте: [...] неопределенных образцов и потом с удивлением обнаруживают, что BLAST не находит сходных сиквенсов. [...]

Re: Других ученых у нас нет или о начале борьбы биоинфор

Ну-ну, а я тогда кто?

Один из теневых идеологов реформы открыто говорит, что времена биологов прошли: http://postnauka.ru/tv/19239

Значит, одних уволят, а другим не дадут денег))

интересно было почитать! У позвонков по разному молекулярка "шагает" ...одни ей полностью отдались и с открытыми ртами воспринимаю каждую новую публикацию (герпетологи), в других ещё стойкий иммунитет, хоть и основательно подорванный...это я про орнитологов))

И хотя у позвоночников больше оснований сказать, что молекулярные деревья у них "растут" во всю и что морфологи проморгали афротерий и что-то еще, все же мысли о конце филогенетики и беспомощности морфологии у них не популярны. Возможно, это связано с большим влиянием палеонтологов в этой области.

Анекдот:
"Да-да, кладизм, реальность таксонов, сетчатая эволюция, горизонтальный перенос, отдалённая гибридизация, гомоплазия... ну мы-то с вами популяционисты и понимаем, что нет никаких видов и никакой филогении, эволюционируют не молекулы и не таксоны, а - популяции!"
:)))

Показалось странным заявление о дороговизне классических систематиков, когда банальный сиквенсный KIT на 50 пробирок стоит втрое дороже месячной зарплаты систематика :)))

Да, в наших реалиях это так, но уже себестоимость 1 сиквенса для баркодинга может составлять 3 доллара (в поточных американских лабораториях). Однако даже баркодинг объекта за 3 доллара - это дороже, чем визуальное определение..))

В свое время я слышал этот доклад, и он вызвал у меня похожее недоумение. Но сухой остаток, который я из него вынес, сводился к тому, что филогенетика (если сводить ее к установлению родственных связей между таксонами и ни к чему больше) действительно кончается КАК НАУКА и продолжает существовать как набор рутинных методов. Т.е. чистая топология родственных связей сама по себе становится малоинтересной: она нужна как этап для реконструкций эволюционных сценариев путем тестирования разных моделей эволюции. А такая деятельность, как Вы верно заметили, не может вести к завершению какой-либо науки. А традиционная морфология снова становится востребованной благодаря ей.

Edited at 2013-12-04 01:24 pm (UTC)

Несколько поэтически идею хорошо выразил Конрад Уоддингтон: "Дифференцированные структуры до сих пор представляют собой наиболее характерные и наименее понятные элементы живых существ… язык – не просто средство передачи праздной информации, он сможет стать образцом для теории Общей Биологии"

Хочу про артропод и аннелид! Если пойму.

Мда, я был бы на его стороне - в некоторой степени - но вот это
" чем выше будет авторитет и щедрее финансирование, тем скорее современное научное поколение своей добротной работой уничтожит филогенетику, выведет ее навсегда из статьи расходов на фундаментальную науку"
- совершенно отвратительно до чудовищности.
Банальная конкуренция за ресурсы. Стыд и срам.

Не думаю. Боюсь, что скорее избыток социальной наивности.

Обнаружил книжку Чэня

http://bookfi.org/s/?q=jun-yuan+chen&t=0

Книжка Хоу есть давно, а теперь и Чэнь.

Благодарю за невозмутимую полезность)))

Очень забавно видеть, как ВВ в глазах народных стал, во-первых, биоинформатиком, во-вторых, врагом зоологии - при том, что ни тем ни другим он не является.
Но я про другое. "Теории эволюции молекулярных признаков нет". То есть как это нет? скорее уж всего остального нет, а это есть. Или Вы имеете в виду эволюцию сложных признаков на уровне последовательностей ДНК?

Ну да. Недавняя история с геномом Ктулху хорошо показала, как там всё неоднозначно - сама по себе последовательность ещё ничего не гарантирует.

Какая может быть речь об отказе от морфологии, если в молекулярных работах определения даже такой хорошо изученной группы, как дневные бабочки, зачастую чудовищны! Зная почти всех молекулярщиков, работающих в этой области, вижу, что почти никто не в состоянии определить бабочку, не прибегая к помощи BLASTa. Определения берутся с этикеток, написанных сборщиками - которые не всегда компетентны и иногда просто нечаянно неверно подписывают образцы. Есть такие ошибки, которые бы не допустил средний бабочкист-любитель. Мэтры филогенетики и баркодинга, публикующие по >10 статей в год, ничего не знают о нюансах систематики, морфологической изменчивости, экологии, ареалах своих объектов. И разумеется - нули в таксономии. Поэтому странно слышать, что такие бравые ребята могут прийти на смену зоологам. Молекулярную филогенетику переоценили на заре ее появления и она вскоре в самом деле должна понизиться в "должности", став не более, чем инструментом. Но у этого будут яростные противники - из числа "генетиков", "биоинформатиков" и прочих успешных "научных сотрудников", фактически выполняющих работу лаборантов по секвенированию.


Отказываются как раз от того, чего не умеют))

Какой смелый наезд на генетический редукционизм Центральной догмы!
Ну, подождем времен, когда реальный полный сиквенс биообразца будет делаться в поле за полторы копейки - что, не дождемся? Одна персонализованная медицина тому гарант.
Кажется однако, что единственным реальным препятствием создания настоящей теории молекулярной филогении может стать невычислимость квантово-химического состояния сложной молекулярной системы - организма.
Потому как эмпирически прокапать все взаимодействия и разрешить рентгеном все белки точно не выйдет. А так было бы красиво - наследственность в генах, сиквенируешь геном, восстанавливаешь по нему транскриптом и протеом, трехмерную + время регуляторную сеть - вуаля, организм нарисовали. Ну, попотели над материнскими РНК и белками яйцеклетки. Может, квантовые компутеры решат проблему...

Я позавчера разговаривал с Алешиным. Мысли высказанные в этой статье, он подтвердил, но одновременно у меня создалось впечатление, что и вопросами морфологической эволюции он на самом деле вполне интересуется. Впрочем, это очевидно и так, уже по его работам (о происхождении Metazoa, например).

Отсюда вывод: решил похулиганить на публике

  • 1