olnud (olnud) wrote,
olnud
olnud

Молекулярно-филогенетические курьезы. 3. Тыквенный пирог

Jennifer Buhay в статье “COI-like” Sequences are Becoming Problematic in Molecular Systematic and DNA Barcoding Studies (2009) не побоялась опубликовать древо (проанализированы креветки одного рода), которое демонстрирует феномен, который не относится к числу «любимых» среди молекулярных филогенетиков. Некоторые назвали его «феноменом тыквенного пирога».
Untitled-1

Привожу подпись к этому древу: An example of creating a phylogenetic tree in PAUP* using random text (Pumpkin Pie recipe). A recipe was copied and pasted directly into a nexus file subset of random sequences from Taylor and Knouft (2006). This nexus file was then opened in MacClade to truncate the sequences to the same length to accommodate the recipe. The nexus file was re-opened in PAUP* and executed. The ‘‘NJ’’ command was used to create a neighbor-joining tree and the ‘‘bootstrap’’ command was used for nodal support. All error messages were ignored. The point of the exercise was to show that anyone can insert any text into a nexus file and output a phylogenetic tree, even one with 100% ‘‘support’’ for a bogus clade. PAUP* issues warnings for spacing and symbol errors, not sequence text or homology. A thorough understanding of phylogenetic methods and theory is not required to push buttons in PAUP* to create a tree. This is a great exercise for students to perform when learning the ins and outs of PAUP* and any tree-building software.

Статья посвящена другому – тому, что в GenBank под видом COI находятся бог весь какие фрагменты – и, в принципе, туда можно поместить даже стихи Пушкина – лишь бы на английском…
Tags: наука, филогения
Subscribe

  • РПД: Разумно-придуманный дурдомом

    Работаю над РПД лекционных курсов. Раньше это называлось РПУДами (Рабочими программами учебных дисциплин), потом У убрали и остались только Рабочие…

  • Страшное Я

    Помню, как в начале 90-х мне в руки попал очередной сборник Зоологического института «Эволюционная морфология животных». Я читал одну статью за…

  • Наш ответ Новосибирску

    Собственно, вот: ШР - штатное расписание ГЗ - гоззадание (не знаю, что это такое) Главный - левый столбик, это реальная зарплата со всеми…

  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

  • 10 comments

  • РПД: Разумно-придуманный дурдомом

    Работаю над РПД лекционных курсов. Раньше это называлось РПУДами (Рабочими программами учебных дисциплин), потом У убрали и остались только Рабочие…

  • Страшное Я

    Помню, как в начале 90-х мне в руки попал очередной сборник Зоологического института «Эволюционная морфология животных». Я читал одну статью за…

  • Наш ответ Новосибирску

    Собственно, вот: ШР - штатное расписание ГЗ - гоззадание (не знаю, что это такое) Главный - левый столбик, это реальная зарплата со всеми…